Pored brojnih prednosti koje pružaju, automatizovani sistemi za trgovanje imaju i nedostatke pa trejderi moraju obratiti na to pažnju, da bi predupredili eventualne negativne posledice. Prirodno je da u praksi postoje situacije kada je gotovo izlišno primeniti neki od sistema za trgovanje jer nije moguće iskoristiti prednosti koje pružaju u trgovanju i to se smatra osnovnim nedostatkom. Najvažniji nedostaci sadržani su u sledećem:
-
Automatizovani sistemi za trgovanje najčešće prate tržišne trendove.
Ova činjenica se smatra prvim i najvećim nedostatkom sistema za trgovanje, pa se zbog toga navodi potreba da određeni sistem mora pratiti glavni trend da bi imao profitabilne rezultate. Istovremeno važi pravilo, da sistemi ne mogu biti profitabilni ukoliko na tržištu nema izraženih trendova. Dakle, u slučaju bočnog trenda (kada cena prati „range“ trend) automatizovani sistemi nisu od značajnije pomoći trejderima u donošenju odluke pa ako trejder preferira stil trgovanja kada cena ima bočno kretanje u određenom cenovnom pojasu (najtipičniji primer je „news“ trgovac) tada sistem za trgovanje ispoljava određene nedostatke. Pošto postoje tržišta koja imaju duže periode bez izraženog trenda, potpuno je jasno da ovakav nedostatak sistema i nije tako mali problem. - Drugi veći nedostatak automatizovanih sistema proizilazi iz činjenice da oni nisu programirani na način da mogu prepoznati obrt trenda na tržištu. U suštini, automatizovani sistemi prate tržišni trend sve do momenta dok se ne uspostavi i potvrdi novi trend, odnosno, dok se ne potvrdi obrt trenda. Ovakva karakteristika automatizovanih sistema smatra se značajnim nedostatkom što je ujedno i glavni razlog što većina iskusnih trgovaca automatizovane sisteme uglavnom koristi kao dopunske tehničke alate u predviđanju budućih tržišnih kretanja. U najvećem broju slučajeva sistemi se kombinuju sa oscilatorima jer se tako najefikasnije mogu izbeći zakasnele reakcije pri obrtu trenda za izlazak iz tržišne pozicije itd.
Ipak, kao neka vrsta izvedenog zaključka, moglo bi se reći da se dobar automatizovani sistem (softver) odlikuje dvema važnim karakteristikama – daje dobre rezultate na tržištima gde prevladavaju izraženi trendovi i čuva akumulirane profite u periodima mirnih trendova. Na osnovu toga nije teško zaključiti da su najnepouzdaniji sistemi oni koji nisu u stanju da nadziru svoje rezultate pa često pružaju pogrešne smernice trejderima. Međutim, postoje alati koji omogućavaju trejderima prepoznavanje tržišnih prilika najpodesnijih za upotrebu automatizovanih sistema, a među njima je u praksi najčešće primenjivan alat ADX linija poznatija kao Wilderov sistem usmerenog kretanja. Trebalo bi možda još napomenuti da se revolucionarno i gotovo svakodnevno usavršavaju automatizovani sistemi za trgovanje i da postoje programske staregije „protiv trenda“, ali svakako treba imati na umu da svaka kompleksnost u analizi više otežava poslovanje iako sa druge strane nudi bolju profitabilnost. Npr.Ellliot talasi na precizan način ukazuju na korekcije trenda što analitičari koriste za opozicione mogućnosti prema dugoročnim glanvim trendovima. Ali, treba imati u vidu da su programski sistemi koji se baziraju na tako složenim pokazateljima vrlo kompleksni te svakako nisu za preporuku početnicima.